中国研发出生物信息处理专用计算机

中国教育装备采购网2005-10-08 11:32围观622次我要分享

    中国科学院北京基因组研究所和计算技术研究所研制成功专门用于生物信息处理的高性能计算机和专门的算法。

    主持这项研究的中科院计算所副所长徐志伟研究员5日在接受记者采访时说,生物信息处理专用计算机“4000H”主要针对基因组学算法数据量大、并行度高、运算类型单一、重复性较强等特点。它以相对较低的硬件成本实现了较高的运算能力。

    该系统包括90个通用处理器、10块生物专用硬件加速卡。通用部分峰值浮点运算速度超过每秒5万亿次,专用部分峰值运算能力超过每秒4万亿次。

    研究人员还针对生物信息学的新问题,综合利用图论、统计分析、机器学习、组合数学等数学领域的理论和方法,设计了新的算法,同时完成了相应的软件包,使之能在生物信息处理专用计算机上高效运行。

    据了解,这项历时两年多的研究成果已通过中科院生物局和高技术局组织的专家验收。

    验收专家组认为,该成果提出了数学定义重复序列概念,用以全基因组拼接中完善并恢复生物学重复序列;还提出了基因预测、蛋白质相互作用网络拓扑结构发现、蛋白质质谱分析的打分函数和统计显著性判定方法、以及适用于鸟枪法的重复序列标注的新算法。

    专家组说,研究人员还开发了全基因组拼接软件包、序列比对软件包、蛋白质质谱数据分析软件包、基因相互作用网络分析软件包和基因预测软件包,成功地应用于水稻基因组精细图、家蚕框架图等大型基因组的组装工作。

    据了解,该成果申请了3项国家发明专利,其中1项获得授权;还取得4项软件登记证书。

来源:新华社 俞铮

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