• 首页
  • 装备资讯
  • 热点专题
  • 人物访谈
  • 政府采购
  • 产品库
  • 求购库
  • 企业库
  • 院校库
  • 案例·技术
  • 会展信息
  • 行业日历
  • 遗传发育所开发完成植物小分子RNA整合分析软件psRobot

    中国教育装备采购网2012-06-28 10:20围观292次我要分享我要投稿

      植物小分子RNA主要包括microRNA和小干扰RNA,在基因的转录和转录后调控过程中具有重要作用。第二代测序技术的逐渐成熟和广泛应用极大地推动了小分子RNA相关研究的发展,对不同组织和材料中的小分子RNA进行深度测序已成为研究小分子RNA的常规手段。因此,针对这些数据的生物信息学分析成为了研究者们面临的日益突出的问题。

      中国科学院遗传与发育生物学研究所王秀杰课题组的研究人员开发了一套在线的小分子RNA整合分析软件psRobot。该软件仅需要用户提交小分子RNA的成熟体序列,就可以借助多种预存的高通量数据系统的鉴定这些小分子RNA是否为microRNA(或具有发夹结构前体的小RNA)以及它们的靶基因情况。该在线工具主要分为两个功能模块,第一个功能模块提供与小分子RNA本身相关的信息,包括小分子RNA在参考基因组上的定位以及茎环结构的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突变体或AGO结合实验中的表达水平等。用户可以基于上述分析结果来判断小分子RNA的产生与作用过程。第二个功能模块进行小分子RNA的靶基因预测,提供包括参考序列库中的所有靶基因位点列表、靶位点的多重性、靶位点的保守性以及降解组数据等生物实验数据信息。通过以上工具用户可以方便地获得所分析的小分子RNA的产生过程、作用机制以及具有的生物学功能等信息,为系统地研究小分子RNA的功能提供了极大的便利。 PsRobot的网址为:http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/。

      该研究在线发表于英国生物信息学期刊《核酸研究》(Nucleic Acids Research)(DOI:10.1093/nar/gks554)上。王秀杰课题组的博士生吴华君和马英克为论文共同第一作者。

      该项研究得到了国家自然科学基金,中科院和农业部项目等的经费资助。

    来源:中国科学院我要投稿
    采购网二维码

    扫一扫,欢迎关注

    教育装备采购网官方微信

    掌握教育装备行业最新、最权威资讯

    相关阅读

  • 6月学校后勤采购热度不减 高教需求居首
    6月学校后勤采购热度不减 高教需求居首
    6月学校后勤采购热度不减 高教需求居首
    6月学校后勤采购热度不减 高教需求居首
    中国教育装备采购网2017-07-27 11:50:45
  • Quantum Design中国子公司参加2017中国材料大会
    Quantum Design中国子公司参加2017中国材料大会
    Quantum Design中国子公司参加2017中国材料大会
    Quantum Design中国子公司参加2017中国材料大会
    中国教育装备采购网2017-07-17 16:05:10
  • 2017上半年录播采购中西部省份渐成主力
    2017上半年录播采购中西部省份渐成主力
    2017上半年录播采购中西部省份渐成主力
    2017上半年录播采购中西部省份渐成主力
    中国教育装备采购网2017-07-14 16:27:02
  • PN结特性研究与玻尔兹曼常数测定仪

    PN结特性研究与玻尔兹曼常数测定仪
    中国教育装备采购网2017-07-12 09:26:11
  • 迪马科技促进宁波分析测试协会发展
    迪马科技促进宁波分析测试协会发展
    迪马科技促进宁波分析测试协会发展
    迪马科技促进宁波分析测试协会发展
    中国教育装备采购网2017-07-11 17:31:14
  • 内大图书馆原创软件获得国家软件著作权

    内大图书馆原创软件获得国家软件著作权
    中国教育在线2017-07-10 10:17:50
  •