中美成功联合演示10Gbps高速互联线路下基因组学数据传输

中国教育装备采购网2012-07-02 08:52围观128次我要分享

  由中美政府共同出资、专门用于中美下一代互联网高速互联的10Gbit/s(Gbps)线路于2012年6月22日正式开通,演示会在北京举行。数据传输的理论速度可达10Gbps,这将在两国的科研合作、教育和文化交流中发挥重大作用。此次中美在下一代互联网高速互联方面的重大合作,也是继2000年 Internet2、中国教育与科研计算机网(CERNET)、印第安纳大学之间进行合作后的一次新的重大突破。

  深圳华大基因研究院云计算产品主管徐兴博士、美国国立生物技术信息中心(NCBI)系统主管Don Preuss博士和美国加州大学戴维斯分校基因组中心生物信息部主任林大威受邀参加了此次活动,并现场演示通过该10Gbps互联线路实现中美基因组合作项目的大数据传输。Aspera公司为本次演示提供软件支持。

  在Internet2和CERNET的支持下,华大基因演示了在三个世界级的基因组中心之间,首次以10Gbps 的速度进行基因组大数据传输。 在此次演示中,从北京传输相当于8个人类基因组大小的24GByte(GB)数据到加州大学戴维斯分校,仅需要大约30秒的时间。而在前几天通过公共的网络连接进行相同的数据传输则需要26小时之久。

  “10Gbps网络传输速度甚至超过了向本地硬盘写入数据的速度,”林大威博士表示,“10Gbps高速互联线路的使用将具有开创性的意义,类似于通讯交流中从邮局送信到电子邮件的变革。这将使基因组相关领域的数据转移和交流更加快速便捷,研究人员之间的合作与交流更加高效。”

  徐兴博士表示:“这是基因组大数据首次以10Gbps 的网络速度在中美之间进行传输,打开了在全球范围内实现高效快速数据传输的大门。我们对这次的成功演示感到非常兴奋,希望能够将这个突破整合到华大基因的日常研究中去,从而更好地促进科学探索,造福人类健康。”

  随着高通量测序技术的快速发展,测序成本直线下降,在一个科研项目中拥有数百GB甚至TB的测序数据已是非常普遍的现象。大数据量DNA测序结果的传输与处理成为当前基因组学研究的瓶颈,目前数据产生方、数据存储方以及合作者之间的数据传输只能通过邮寄硬盘这种笨拙的方式进行。而高速网络正在这个关键时刻应运而生,将会有效的解决“大基因组数据”传输障碍,为基因组测序数据的高效传输提供良好的渠道,极大的提高科研合作与交流的效率。

来源:中广网

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