用户点评基因测序仪:配套试剂耗材应降价

中国教育装备采购网2013-06-09 15:13围观1692次我要分享

  当前,基因测序仪的主要生产企业有Illumina、Life technologies、Pacific Biosciences等。近日,仪器信息网编辑随机采访了基因测序仪用户,所采访用户涉及高校、科研院所、测序公司的实验室等,共计3名用户,其中A用户使用Life technologies 公司产品ABI 3730XL,主要应用于PCR产物测序,质粒和细菌人工染色体的末端测序;B用户使用Illumina公司推出的 hiseq-2000,主要应用基因组组装、重测序、外显子测序、转录组测序以及小RNA测序的研究;C用户使用Pacific Biosciences公司研发生产的PacBio RSI,主要应用于基因组从头测序,检测DNA修饰。仪器信息网所采访的产品涵盖了第一、第二和第三代基因测序仪。

  

 

  ABI 3730XL测序仪

  

 

  Illumina hiseq-2000测序仪

  

 

  PacBio RSI 测序仪

  仪器价格:一代更比一代高

  在采访中了解到,用户A所使用的ABI 3730XL测序仪购于2010年,当时购买的价格是100万元人民币左右,这是一款第一代测序仪,其基于毛细管电泳和荧光标记技术进行测序。

  用户B使用的第二代测序仪Illumina hiseq-2000于2011年购买,价格约为75万美元,其采用可逆终止法的边合成边测序技术。

  用户C使用的PacBio RS I测序仪是一款第三代测序仪,其利用DNA单分子的直接测序的原理进行测序。该仪器于2012年购进,当时购买价格约为100万美元。

  用户开机率:普遍较高

  A用户来自测序公司,每天都收到来自其他单位的测序样本,因此使用频率非常高,几乎每天都开机,

  B用户来自科研机构,该仪器作为平台仪器,为单位所在的整个科研系统服务,两年中都是满负荷使用。

  C用户来自高校,仪器主要为高校内部系统提供服务,1年中使用频率较高。

  测序速率,读长,通量都可以满足需求

  相比之下,ABI 3730XL测序仪的测序速度在第一代基因测序仪中是最高的。但是,由于其依赖于电泳分离技术,所以速率方面难以进一步升级,96样本的测序运行时间约为1小时40分钟。每天的数据通量可以达到600000bp,主要适合于基因测序和基因分型研究。

  Illumina hiseq-2000测序仪作为第二代测序仪,测序速率大大提升,每天最高可以产生75Gb的数据。可以实现De Novo从头测序,DNA重测序等各种测序目标。

  PacBio RSI的测序速度可以达到每分钟60个碱基,从样品制备到获得碱基序列的全部流程可在1天内完成。每天可获得的数据是200Mb mappable data。能够完成各种测序目标。

  读长方面,ABI 3730XL的准确读长可以达到800bp。Illumina hiseq-2000测序仪读长可以达到2×100bp。PacBio RSI目前可以获得1300bp的平均读长。

  前处理环节:第三代测序仪优势明显

  用户表示,ABI 3730XL和Illumina hiseq-2000虽然与同类仪器相比建库准备实验相对方便,但仍需花费较长时间和大量人力。但作为第三代测序平台的PacBio RSI测序仪,利用DNA单分子的直接测序的原理,无需进行文库制备,可直接从DNA片段获得测序数据,从样本制备到获得测序结果,所需的时间还不到一天。并且与传统标准方法相比,所需的DNA量也相当少,用量可低至不到500ng。

  收费售后服务:用户满意度高

  Illumina、Life technologies的售后服务获得了用户的一致认可,用户认为,其服务“响应速度快,专业性高,解决问题十分彻底”。

  基因测序仪的产品生产商相对较少,过了免费的质保服务期之后,用户需要承担高额的售后服务费用,但几名用户对此并未产生不满,ABI 3730XL的用户表示,“我们认为一年10万元的售后费用物有所值。”

  改进意见:配套试剂耗材应降价

  尽管ABI 3730XL在速度和成本方面都已达到了极限,但与二三代测序仪相比,其通量较低,成本较高,并且由于其对电泳分离技术的依赖,速度成本难以进一步提升。尽管如此,ABI 3730XL用户认为,ABI 3730XL方法可靠,并且已形成规模化,将继续发挥重要作用。

  使用Illumina hiseq-2000的用户认为,该仪器的配套试剂价格过高,另外读长还有待增加,并且希望建库准备实验可以实现自动化。

  PacBio,RSI的用户表示,这台仪器的不足之处主要在于试剂耗材价格过高,通量还有待提高。另外,PacBio RSI系统可购买升级包,将原有系统转化成最新的PacBio RSII,但是,升级耗资巨大也是令用户头痛的问题。

  附:基因测序仪简介

  DNA测序技术是现代生物学研究中重要的研究手段之一。成熟的DNA测序技术始于20世纪70年代中期。1977年,Maxam和Gilbert报道了通过化学降解测定DNA序列的方法。同一时期,Sanger发明了双脱氧链终止法。20世纪90年代,荧光自动测序技术将DNA测序带入自动化测序时代。目前,基因测序仪已发展到第三代,Illumina、Life technologies(ABI)等公司共同占据着全球基因测序仪市场。

来源:仪器信息网

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