转录组测序结合蛋白质组分析探索蝾螈再生奥秘

中国教育装备采购网2013-06-27 17:55围观1056次我要分享

  来自德国及美国等处的研究人员针对基因组特别大,难以进行全基因组测序的动物,提出了以转录组测序与蛋白质组分析联合以解析功能基因的策略,并以蝾螈进行实验,开辟了组织及器官再生研究的新思路。该研究成果已发表近期的《Genome Biology》杂志上。

  蝾螈是一种在侏罗纪中期演化的有尾两栖动物,目前存活的约有400种。红色斑点蝾螈虽然小,但其组织工程学技艺却令人惊叹。蝾螈在失去了组织,包括心肌、中枢神经系统元件甚至眼睛的晶状体后仍能再生。一般来讲,动物的再生组织的能力是所有多细胞动物所共有的古老程序,因此,医生们一直希望蝾螈的这种能力依赖于基础遗传学程序,而该程序潜伏在包括哺乳动物在内的所有动物中,这样他们就可以在再生医学中利用蝾螈的再生机制。

  然而蝾螈的基因组十分庞大,比人类基因组大十倍,要从头获得蝾螈的全基因组序列不容易。因此研究者们将目光转向基因表达所产生的RNA,他们利用454新一代测序技术对蝾螈的转录组进行了研究。经过从头组装N. viridescens的转录组,获得了超过120,000个RNA转录本,约有15,000个转录本编码蛋白质,其中有826个转录本是蝾螈所特有的。这些转录本中包含了不同器官所有再生阶段的转录本,这些转录本中的一部分与其它生物相似。通过对蝾螈胚胎和幼体的心脏、四肢、眼睛、尾、肝脏、脾脏等组织中再生过程表达的蛋白的分离以及质谱分析方法,对这些蛋白进行分类及与转录本的比对。

  通过454新一代测序结果与质谱技术的结合,发现了500多个其它生物中从未被发现的肽段,接下来会进一步探索这些蛋白是否与再生能力相关。这项研究不仅为目前科学家们提供了两栖类动物的基因数据,更为基因组测序困难的动物研究,提出了一种新思路。

来源:上海叶舟生物科技有限公司作者:上海叶舟生物科技有限公司

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