用摇瓶机(空气摇床)培养法制造液体菌体，技术比较容易掌握。现在最常用的振荡培养摇床有往复式和旋转式两种，上海天呈拥有双模式的摇瓶机，可供数据的反复对比，培养菌种的效率更高。
小型的摇瓶机放入恒温培养箱进行3天左右的培养。电源与恒温箱的加湿器的电源连接在一起，把培养瓶放入培养箱内，固定在烧瓶夹具上，将振荡频率调试每分钟100次左右，便可开电源振荡培养。大概进行3~5天左右。
在摇瓶培养过程中，因摇瓶机的电源受恒温控制器的控制，会随着恒温箱内温度高低变化而停机、开机。这样做是因为摇瓶机在工作时，电机会产生很高的热量。时间长了会使箱内温度过高，影响菌种的生长。因此建议使用恒温摇床进行菌体培养，高效和精准的温度控制，长时间的稳定运行，超温报警，开盖即停能有效保护菌种，提高成品率和产量。另外可加入恒湿功能和光照功能，真实模拟人工环境。
