细胞凋亡时主要的生化特征是其染色质发生浓缩, 染色质DNA在核小体单位之间的连接处断裂, 形成50~300kbp长的DNA大片段, 或180~200bp整数倍的寡核苷酸片段, 在凝胶电泳上表现为梯形电泳图谱(DNA ladder)。细胞经处理后，采用常规方法分离提纯DNA，进行琼脂糖凝胶和溴化乙啶染色，在凋亡细胞群中可观察到典型的DNA ladder。如果细胞量很少，还可在分离提纯DNA后，用32P-ATP和脱氧核糖核苷酸末端转移酶(TdT)使DNA标记，然后进行电泳和放射自显影，观察凋亡细胞中DNA ladder的形成。
1. 大分子染色体DNA片段的测定
细胞凋亡的早期,染色体断裂成为50~300kbp长的DNA大片段。所有超过一定分子量大小的双链DNA分子在琼脂糖凝胶中的迁移速度相同。线性DNA的双螺旋半径超过凝胶半径时，即达到分辨力的极限。此时凝胶不再按分子量的大小来筛分DNA，DNA像通过弯管一样，以其一端指向电场一极而通过凝胶，这种迁移模式称之为"爬行"。因此，细胞凋亡早期产生的50~300kbp长的DNA大片段不能用普通的琼脂糖凝胶电泳来分离。通常采用脉冲电泳技术可圆满地解决这一问题。这个方法是在凝胶上外加正交的交变脉冲电场。每当电场方向改变后，大的DNA分子便滞流在爬行管中，直至新的电场轴向重新定向后，才能继续向前移动。DNA分子量越大，这种重排所需要的时间就越长。当DNA分子变换方向的时间小于电脉冲周期时，DNA就可以按其分子量大小分开。
2.DNA Ladder 测定
方法：
①收获细胞(1X107)沉淀;
②细胞裂解液：13000rpm′5min， 收集上清;
③1%SDS和RnaseA(5mg/ml)56°C， 2h;
④蛋白酶K(2.5mg/ml)37°C，2h;上海创赛科技提供39450-01-6，蛋白酶K，Proteinase K，用于分子生物学，≥30 units/mg protein ,商品编号：C16-P10706-25mg，价格165元。
⑤1/10体积3M醋酸钠和2.5倍体积的冷无水乙醇沉淀DNA，4°C过夜?14000rpm′15min;上海创赛科技提供4418-26-2，脱氢醋酸钠，99% ,商品编号：D16-1019891-100g，价格155元。
⑥最后将沉淀溶解在TE buffer中，加DNA Loading Buffer;
⑦1.2%琼脂糖凝胶电泳，EB染色并照相。
3.凋亡细胞DNA含量的流式细胞计分析
方法：
①收集细胞，70%冷乙醇(in PBS)4°C固定过夜，PBS洗涤;上海创赛科技提供重组人 RNase A，Ribonuclease A，RNASE1 蛋白 (His 标签)，Ribonuclease, RNase A family, 1 (pancreatic) Protein,商品编号：C86-134-68-50ug，价格2210元。
②1000rpm′10min RNase A(0.5mg/ml)37°C消化30min PI(50mg/ml)染色，室温避光15min;上海创赛科技提供957054-30-7，GDC-0941GDC0941>98%,有效的PI3Kα/δ抑制剂 ,商品编号：C84-4843-10mg，价格931元。
③FACScan分析DNA亚二倍体的形成及细胞周期的变化。
4. ApoAlertTM LM-pcr Ladder Assay (CLONTECH)
优点：敏感度高，适合于检测少量样本，小部分凋亡细胞。如临床活组织检测。
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