对亍SYBR? Green染料法，最好在PCR扩增程序结束后，加一个熔解程序，来形成溶解曲线，判断PCR产物的特异性。
评估qPCR反应的效果，一般从扩增效率、精确度以及灵敏度三个方面进行。
评估扩增效率，至少需要做3次平行重复以及5个数量级倍数(5 logs)连续梯度稀释模板浓度。同时，PCR扩增效率也是决定反应灵敏度的关键因素。
标准偏差是最常用的精确度计量方法。许多数据点都靠近平均值，那么标准偏差就小;如果许多数据点都远离平均值，则标准偏差就大。实际上，足够多重复次数产生的数据组会形成大致的正态分布。
如果PCR反应效率是100%，那么2倍稀释点之间的平均Ct值间隔应该恰为1个Ct值。要以99.7%的几率分辩2倍稀释浓度，标准偏差就必须小于0.167。标准偏差越大，分辨2倍稀释的能力就越低。为了能够在95%以上的情冴下分辨出2倍稀释，标准偏差必须小于等亍0.250。
对于灵敏度，无论CT绝对值是多少，仸何能够有效扩增和梱测起始模板拷贝数为1的系统都达到了灵敏度的极限。为了更可靠地梱测低拷贝，必须做大量的平行重复实验来提供统计显著性，幵兊服泊松分布的限制。
