(1)毛细管区带电泳
毛细管区带电泳法(Capillary Zone Electrophoresis，CZE)的分离是基于组分淌度的区别。一般毛细管内壁带负电荷，电渗流从阳极移动至阴极，流出顺序是阴离子<中性分子<阳离子。若毛细管内壁涂上一层阳离子表面吸附剂，则极性颠倒，流出顺序是阳离子<中性分子<阴离子。
毛细管区带电泳具有分离方便、快速、样品用量小的特点，在无机离子、有机物、氨基酸、蛋白质及各种生物样品的测试中有着广泛的应用。
(2)胶束电动毛细管色谱
CZE 主要用于分析带电荷的离子，对中性分子的测试主要是依靠电渗的作用，分离比较困难。此时可应用胶束电动毛细管色谱(Micellar Electrokinetic CapillaryChromatography, MECC )进行分离分析。MECC是在缓冲溶液中加入表面活性剂，当表面活性剂浓度超过临界胶束浓度时，则形成荷电胶束。而当无胶束存在时，所有中性分子将同时到达检测器，有胶束时带负电荷的胶束在电场作用下向相反方向泳动，溶质分子在胶束和水相间形成平衡，在溶液的电渗流和胶束的电泳流的共同作用下分离。溶质分子在胶束内停留时间越长，其迁移所需时间即保留时间越长。
最常用的表面活性剂是十二烷基硫酸钠(SDS)。各种阴阳离子表面活性剂和环糊精等添加剂使得本法有相当多的选择余地，可广泛用于各种类型的样品，在手性分子的分离中也有成功的应用。上海创赛科技提供151-21-3，十二烷基硫酸钠(SDS)，Sodium dodecyl sulfate ，AR，92.5-100.5%，商品编号：C16-S10436-500g，价格50元。
(3)毛细管凝胶电泳
毛细管凝胶电泳(Capillary Gel Electrophoresis, CGE)是在毛细管中填充具线状缠结聚合物结构的物理凝胶，使样品中各组分通过净电荷差异和分子大小差异双重机制得以分离。CGE在蛋白质、多肽、DNA序列分析中得到成功应用，已成为生命科学基础和应用研究中有力的分析工具。
近年来，其他类型的毛细管电色谱法(Capillary Electro-Chromatography， CEC)发展很快。其中填充毛细管电色谱法是将细粒径固定相填充在毛细管柱中，开管毛细管电色谱法是把固定相的官能团键合在毛细管内壁表面而形成的色谱柱。CEC 是很有前途的分析方法。
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