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Sequencher序列分析软件
Sequencher是DNA序列集合和分析软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的快速Contig组装、友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。Sequencher被生命科学研究者们应用于不同的DNA序列分析中，包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等。
序列编辑
Sequencher为您提供了DNA序列编辑工具，它可以让您知道一个序列是否是完全正确的。您可以按照1序列/次的速度查看色谱图数据，或通过正向和反向观察多种排列图谱。
它能非常方便快捷的在您的匹配数据中滚动，您还可以通过Sequencher的选项工具来突出显示有差异或低质量的区域。
序列整理
自动的DNA序列器偶尔会导致低质量的阅读，尤其阅读到靠近序列引物位点的和位于长序列末尾的位置。DNA库的克隆序列一般包括了矢量序列、多聚腺苷尾巴或其他无关的序列。基因内区和引物序列经常位于扩大外显子序列的侧面。除非通过调整来删除，否则这些伪像将使您的序列集和下级的序列分析变形。
Sequencher提供了使用简单易用但功能强大的工具，它可以帮您删除低质量或模糊的数据：
Trim Ends 可以从序列片段的末端删除误导性数据
Trim Vector可以删掉破坏序列末尾的确切序列数据
Trim to Reference排除超出组合参考序列的末端。
优先执行调整命令，Sequencher显示出建议整理的图形表述，它可以进一步完善您的标准。
序列集合
Sequencher直观的控制功能允许用户设置自己的序列集合参数并在数秒内调整它们，同时允许用户快速精确地组合DNA碎片。Sequencher会自动对比正向和反向补充取向来集合最有可能的重叠群，这样您就可以在不考虑方向的情况下集合DNA序列。
Sequencher的万能集合工具可以用于：
对比基因变异和参考序列
确定矢量结构
将病毒和细菌基因组集合起来
从cDNA库中聚类成千上万的序列数集群
将cDNA和基因组序列集合起来
创建初级地图
支持置信值
Sequencher展示项目窗口，序列编辑器和序列的信息获取窗口中的可信任的和总体信任的信息(如果它存在于您的DNA序列文件中)，这样您可以非常轻松的监控您的数据质量。您甚至可以为您的置信值指定截止范围，并通过彩色代码查看这些变化范围。
基因库特征操作
Sequencher将 GenBank Features(基因库特征)输入到您的文件并且提供了许多管理，添加或者编辑特征的工具。您可以输入Genbank Feature keys(基因库特征密钥)或标识您个人的特征。Define Feature Key Default Style定义特征默认形式用户更愿意让您设置自己的颜色和特征注释，所以您可以从外含子中区分出内含子并找出序列错误。
SNP检测
Sequencher有一些功能强大的工具帮您检测DNA序列的变异和SNPs。您可以用Sequencher来比较一组序列中的序列校正，或者将1个或更多序列同参考序列比较。Sequencher的调用二级峰值功能分析了您所有序列的潜在异性合子。您可以非常容易地控制严格定义的异合子。
您可以从一个异合子移到下一个;只需要点击Bases浏览处的空格键。浏览共有序列和参考序列的蛋白质转换。参考序列保证了您的SNPs数量可以与下一个DNA集保持一致。
方差表
强大的SNP分析工具
现在有一个非常简单的方法来比较DNA序列或重叠共有序列并找出这些序列的所有不同之处，这些指令只需要通过几个按键就能完成。方差表使您可以从大量的序列数据中筛选出感兴趣的内容。方差表中的每一个细胞都是同原始数据相连的，这样您就可以直接在表格中轻易的验证或编辑每个假定差异，并自动获取序列和色谱图数据。如果您发现了所有的差异，Sequencher为您提供多种输入和输出的选项。
转化方差表
方差表的转化总结了所有的已选样本的氨基酸区别。因为这个表格同隐藏的序列数据相连的，它是一个理想的验证变异工具，可以导致氨基酸转化和检查矢量的改变。
与方差表不同的是，它的展示不是同空白细胞结合而是和浅灰结合。您可以看到密码子的不同并导致氨基酸的配对。您甚至可以看到两个表的浏览模式，可以决定是否将DNA序列转化成蛋白质序列。
限制图谱
Sequencher提供了大量用来管理DNA序列线性规划的图谱工具。通过频率、性质或已知序列的长度来过滤酶的选择。您还可以区分特殊矢量和多接头序列来设置您的克隆计划。
自动分析
Sequencher批处理使用易懂的，用户自定义的方法来处理您的DNA序列数据。并且Sequencher永远不会损坏您的科学结论的有效性。Sequencher同样为您提供序列编辑的最终选择。
Sequencher是为您保存了两种类型的数据备份，编辑过的和原始输入数据。当您转化实验数据指令的时候您可以撤销所有或一部分编辑。
通过命名工具集合使您可以选择片段名称的一部分来作为共享标识符或集合手柄。Sequencher可以自动选择和命名重叠群。Sequencher甚至支持正则表达式并以此设置匹配的独特IDs!
比如，通过点击按钮，您可以将90个文件，45对正向和反向序列，转换至45个根据Patient IDs 命名的重叠群中。序列集合参数的改变会重新组合片段，您可以通过克隆ID、日期、引物或任何其他特征来记录您的序列名称。
名称集合对处理大量序列来说是非常有帮助的。它的作用还包括：
对MHC进行序列处理并对线粒体基因进行认证和研究
PCR产品的候选基因分析
监测病毒基因组序列与跟踪抗联疫苗或抗病毒药物
定制您的工作地点
您可以定义窗口默认的位置，而且Sequencher能记住格式和协调选项的设置。您还可以保存您的全部设置，包括作为项目模板的参考序列，还可以重复使用，以此节省分析设置的时间!
使用主题突出、定义的子序列
记住两部分间的尺寸设定
为您的工作方式选择最佳的窗口布局并保存它们
自定义您的项目窗口展示方式
报告
Sequencher最新输出报告功能可以创建数据的打印形式。报告提供了一些分析工具，如人口报告的样本集。
人口报告是方差表数据的独特总结。每个人口报告都是由两种表格组成，人口表格和个别的细节表格，这些细节表格对每一组都进行了描述。
方差细节报告提供了Sequencher所有已有信息来支持方差表格，如独立方差报告中，总结表格列出了每个样本或者纵队中方差。而且，在方差细节报告里，一个细节表格是附属在方差表格里的。表格的细节情况包括序列名称、方位和任何数据的基本要求。如果存在置信或色谱图数据，这些也应该包含在序列表格里。这些色谱图数据包括二级顶点构成和达到每方差六个tracelets的色谱形象。
