培训时间:2017年12月27-29日(周三至周五)
培训地点:苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室)
►培训主旨:
本次培训班旨在帮助学员快速了解并掌握Discovery Studio2017R2中多种经典的模拟技术——同源建模、分子对接、药效团模型、蛋白设计,包括核心原理、参数设置技巧、结果分析、热点问题的解决并快速上机操作。
►培训对象:
从事药物研发相关领域的科研工作者,从事蛋白质结构与功能关系研究相关领域的科研工作者,对分子模拟和Discovery Studio软件感兴趣、希望系统掌握软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学。
►培训内容:
本次培训课程将会围绕Discovery Studio2017R2软件中多种小分子对接算法、全方位的药效团模型构建方法及应用策略、基于目前市场上最大最全药效团模型数据库的反向找靶、基于行业标准同源建模程序的蛋白结构预测与分析、以及业内认可度和使用率最高的蛋白对接方法、独特灵活的蛋白虚拟氨基酸突变等技术方法展开介绍。
►培训形式:
�1、通过文献案例分析讲解每一种模拟技术方法的应用以及原理介绍;
� 2、上机操作:讲解每一种模拟技术方法的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);
� 3、学员交流与讨论,工程师进行现场答疑答疑。
►课程安排:
日 期 |
时 间 |
内 容 |
第一天 |
08:00-09:00 |
报到和注册 |
报到地点:江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室 |
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09:00-10:45 |
Discovery Studio基本界面 |
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DS背景介绍,DS界面介绍,蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作 |
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10:45-11:00 |
茶歇 |
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11:00-12:00 |
蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER |
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同源建模核心原理介绍,同源模板的选取技巧等。 |
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12:00-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
蛋白质三维结构的预测-同源建模MODELER |
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同源建模参数设置讲解、实际操作技巧及结果分析。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-17:15 |
蛋白-小分子对接LibDOCK |
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分子对接的核心与原理,蛋白活性位点定义方法,分子对接结果的分析,最优对接构象的选取方法,LibDOCK的原理等; |
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LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。 |
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17:15-18:00 |
课程讨论及答疑 |
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第二天 |
09:00-10:30 |
蛋白-小分子对接LigandFit |
分子对接算法的选取方法,打分函数的选取方法, LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
蛋白-小分子对接CDOCKER |
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关键氨基酸的识别与显示方法,作用机理的解释手段,CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。 |
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11:45-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
蛋白-小分子对接Flexible Docking |
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对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法,Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-17:15 |
蛋白-蛋白/核酸/多肽分子对接ZDOCK |
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大分子对接,蛋白-蛋白/核酸/多肽结合模式的确定,结合表面关键残基的分析,原理介绍、案例分析、参数设置、实际操作技巧及结果分析。 |
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17:15-18:00 |
课程讨论及答疑 |
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第三天 |
9:00-10:30 |
蛋白设计:蛋白虚拟氨基酸突变 |
突变位点、突变组合的建议以提高蛋白复合物亲和力或者提高蛋白的热稳性,pH和温度等环境因素的考虑,原理介绍、参数设置、实际操作技巧及结果分析 |
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10:30-10:45 |
茶歇 |
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10:45-12:00 |
药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop |
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经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法,基于药效团的药物虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。 |
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12:00-13:30 |
午餐 |
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13:30-15:00 |
药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen |
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经典的基于配体的药物设计方法,训练集分子的选取依据,药效团模型的评价方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。 |
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15:00-15:15 |
茶歇 |
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15:15-16:15 |
药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP |
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SBP方法的原理、实际操作方法。 |
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16:15-17:15 |
药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP |
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基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶 |
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CBP方法的原理及操作,反向找靶的策略,基于药效团反向找靶的结果分析,靶标的确认方法等。 |
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17:15-18:00 |
课程讨论及答疑 |
►网站报名:请点击此处,欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限,报名从速!