基因合成是指在体外人工合成双链DNA分子的技术，与寡核苷酸合成有所不同:寡核苷酸是单链的，所能合成的最长片段仅为100nt左右，而基因合成则为双链DNA分子合成，所能合成的长度范围50bp-12 kb。基因合成是用人工方法合成基因的技术，是基因获取的手段之一，相对于从已有生物中获取基因来说，基因合成无需模板，因而不受基因来源限制。
人类首条人工合成的基因出现在上世纪60年代，基因合成是当前合成生物学的主要内容，通过基因合成，可以获得自然界中不存在的基因，为人类改造生物开辟了一个全新的方向，在可预计的将来，基因合成将在生命科学领域发挥巨大作用，在新能源、新材料、人工生命、核酸疫苗、生物医药等领域的作用已初步体现。基因合成也存在潜在的被开发成生物武器的可能，而这个可能性在几个病毒的人工合成之后变得更加突出。
基因合成有两种途径，一是向基因合成公司订制，二是作本地基因合成。由于基因合成技术还没有一个统一的方法，基因合成的技能和经验在合成过程中具有决定性的影响，所以大部分基因合成都是在专业人员手中完成的，这也决定了途径一是主要渠道。
本地基因合成一般需要参考学术文章，这方面的文章有很多。但大多只是个别基因的合成，只具备有限的参考价值，除非是那些为了研究技术本身而作的基因合成。对于需要作本地基因合成的实验者来说，使用"基因合成试剂盒"也许是一个好的选择。
基因合成的优点：一:合成周期短，可以保证序列的100%正确无误；二:基因合成具有更大的灵活性，可以对基因的酶切位点和基因序列进行修改，方便下游的克隆和实验；三:研究人员根据自己的意愿设计得到自然界中很难获得甚至不存在的基因；四:基因合成的基因可以进行密码子优化，使基因在各种生物表达体系中都能得到良好表达。
基因合成的应用：一:克隆人鼠抗体或重组抗体；二:合成不同的基因突变株、SNPS、或其它突变株；三:设计合成DNA疫苗；四:大量合成用于微芯片的cDNA。
