温州医学院是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。学校现有外科学、妇产科学、眼科学3个博士点，临床医学、中药学2个一级学科硕士点，28个二级学科硕士点，具有工程硕士和临床医学硕士专业学位授予权；有30个本科专业和1个七年制本硕连读专业，涉及医学、理学、管理学、文学、法学、工学、教育学等七大学科门类。现有1个省部共建国家重点实验室培育基地、6个省部级重点实验室（研究中心）、8个浙江省重点学科。
学校目前有全日制在校生18000人，其中研究生1600人；专任教师1000余人，一批优秀教师入选国家“百千万人才工程”、教育部“新世纪优秀人才支持计划”、浙江省特级专家、省高校特聘教授、省“151人才工程”、省有突出贡献的中青年科技人员、省高校中青年学科带头人。
学校现有3个校区，总占地面积1200多亩，建筑面积近50万平方米。图书馆 文献100多万册。学校主办《温州医学院学报》、《眼视光学杂志》、《肝胆胰外科杂志》、《浙江创作外伤》、《检验医学教育》5种学术期刊，其中《温州医学院学报》、《眼视光学杂志》、《肝胆胰外科杂志》入选“中国科技核心期刊”。学校拥有10所附属医院，床位数9000多张。
学校积极推进教育国际化，与四十多所境外高等院校和科研机构建立了良好的交流合作关系，开展包括互派学者、联合培养博士、互派留学生、合作研究等各种形式的合作项目。
