明确办学理念和特色。在大学章程的制定过程中，学校对办学理念和特色、发展目标和战略、治理结构、人才培养、科技创新和社会服务等重要内容进行了顶层设计，形成了“立足实际、聚焦特色、强化统筹，突破重点”的治理理念。制定学校事业发展“十三五”规划、深化综合改革方案等发展战略，并逐项制定行动计划表、落实责任部门、明确时间节点。
打造规章制度体系。以章程为核心，以专项制度为辅助，以实施细则为支撑，构建相对完备的三级现代大学制度体系，推动决策机制、民主管理、教授治学、校院实体化改革、财务资产、教育教学、学生管理等各项规章制度的建设工作，切实为学校内部治理结构改革提供制度保障，推动学校发展走向规范化制度化的轨道。
完善治理和建设体系。对质量管理体系同步实施“内审”和“外审”，通过开展各项制度的“废、改、立”和合法性审查，推动制度体系的持续改进。建立校院两级学术治理体系、成立法务办公室、有机整合海洋工程学科、成立马克思主义学院等。紧密对接国家和上海市重大战略，依托学校航运、物流、海洋等特色学科，有效整合创新资源，分层次、分类型探索建立“政产学研用”协同创新平台。
