原理不同：荧光定量PCR实时监测与DNA结合的荧光染料激发的荧光;普通pcr通过检测插入dna中荧光染色剂来看是否有目的片段。
应要求：荧光定量对扩增片段有较高的要求，一般为100-300bp;普通PCR可以扩增长点的片段。荧光定量可以不进行电泳就对产物进行定量分析，普通PCR必须电泳。
结果：荧光定量可以实现精确定量，普通PCR则不行。荧光定量体现可以看到整个扩增过程，可以看到扩增效率，溶解温度，直接得到的标准曲线等，这些是普通PCR无法实现的
RT-PCR有两种：实时荧光定量PCR (Real-Time PCR)和反转录PCR(Reverse Transcription PCR)，都属于Q-PCR (Quantitative PCR, 定量PCR)，以RNA或cDNA为模板，以cDNA序列设计引物，测量RNA水平的表达。
荧光定量PCR，加荧光，必需在定量PCR上做，一般片段较短(80-120bp)，有固定程序，可以根据对照精确计算不同样品间的表达差异。
反转录PCR，不加荧光，一般的PCR仪即可，循环数在15-25之间，片段可选120-500bp，表达差异可以由跑电泳胶显示。
Real-time PCR通常用的方法是SYBR Green，这种方法引物在RT-PCR的基础上需要注意：
1.退火温度同内参;
2.片段长度不要超过200;
real-time PCR的引物可以跑RT-PCR，反之不一定。
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