理论上，任何光学系统都不能生成理想的像，因为客观条件下，各类像差的存在影响了生物显微镜成像质量。除了像差之外，还有一些显微镜自身存在的因素影响显微镜的成像质量。主要有如下几点：
(1)在使用显微镜时，被检物体做的比较标准很重要。如：切片厚度是否太厚，盖玻片是否符合国际标准等。
(2)显微镜物镜按档次可分为6~8个档，最常用的为平场消色差物镜。如镜头档次太低，则成像质量会下降。因此，建议选择平场以上档次物镜。
(3)聚光镜孔径光栏尽量和物镜的数值孔径相符，才能得到最佳的图像分辨率。
(4)调焦系统作为机械部分的重要部件，调焦精度也非常重要。对于生物学初学者或刚接触显微镜的操作者，熟练使用调调焦系统，能快速找到图像并聚焦，提高工作效率。
(5)载物台在观察切片时，常做X、Y轴的移动。如：双层机械移动台，精度和稳定性较好，能在观察显微图像时提供好的成像质量。
(6)非球面聚光镜能提供非常均匀的照明光线，所观察到的显微图像衬度极佳。
(7)视场光栏应根据观察不同的被检物体和物镜倍率开启到合适的位置，如开得过大或过小显微图像的视场亮度会受到影响。
(8)照明系统如采用温度低，色温较高的照明装置，观察到的是分辨率和锐利度极高的显微图像。
(9)采用科勒照明系统，能调节光学的中心像。科研级的显微镜均采用此系统，为镜检和专业数码显微成像系统，提供优质的显微照片。
