各种QM和MM代码的各种接口，包括GAMESS-UK，MNDO，TURBOMOLE，GAUSSIAN，Molpro，DL_POLY，CHARMM，GULP，DMol3，Orca，NWChem，和GROMOS。
以上代码可用于混合QM/MM耦合方案的计算。ChemShell中使用的耦合模型有力学嵌入，静电嵌入，壳模型势固态嵌入方案(GAMESS-UK + GULP)。
一系列几何优化方法，包含线性标度离域坐标算法。
MD驱动，加入NVE，NVT，NPT，和MC积分，刚体运动（四元数），距离和其它束缚（SHAKE）。
工具程序：内坐标定义和操作；势能曲面绘图；有限差分振动频率；伞形取样和复势能曲面扫描的束缚；从某些不支持ESP和RESP电荷的QM代码求解该电荷；BABEL工具进行外部文件格式的输入/输出；分子结构及数据的图形显示（用CCP1 GUI）。
