正相硅胶反相洗脱色谱仪对碱性药物的保留主要是离子交换机理。在高PH值的条件下，硅胶表面弱酸性的硅羟基存在一定的离子化特征，硅胶在高PH值的情况下可作为阳离子交换剂。许多碱性化合物在高PH值(PH = 10)时也能部分质子化。非解离中性脂类和阴离子成分不被硅胶柱保留，在溶剂前沿被洗脱。只有在色谱条件下呈阳离子型的碱性胺类药物可以很好地保留，排除了内源性杂质峰地干扰，从而选择性地分析碱性药物。正相硅胶反相洗脱色谱仪主要依碱性强弱出峰，色谱峰对称性很好，峰形尖锐。
正相硅胶反相洗脱色谱仪不需反相高效液相色谱仪中复杂的处理手段，碱性药物保留时间大大缩短，拖尾改善，峰形对称，能同时分析极性范围很大的一类药物。
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