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Sequencher是DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和全部自动序列分析仪一同工作,并且因为它的Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具,以及突出的技术而众所周知。从差不多15年前初次版本到现在,Sequencher在基因和制药公司中应用于序列分析任务,Sequencher被生命科学研究者们使用于很多不同的 DNA 序列分析应用方面,包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别,以及分类学等等...
Sequencher内含多种拼接算法,还有功能的序列编辑工具、具有ORF分析,酶切位点作图、杂合子识别等分析功能。可以应用于杂合子和SNP的检测和分析,cDNA到染色体DNA的大型间隙对准,比较排序,对置信评分的、ORD转换、GeneBank化导入、以及限制酶映射等等,序列比对可直接用MEGA操作,编辑更方便,比对时间稍短。Sequencher新版本为5.4.6。
DNA序列分析的新功能和增强功能:
Sanger:
从Primer-BLAST发送引物对序列,在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目
使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项目的NGS的参考序列
New Batch Revert Trim Ends命令
能够在项目窗口中调整字体大小
NGS:
更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程
构建可重复用于与全基因组的GSNAP数据库和BWA索引
使用FastQC报告查看和保存NGS原始数据文件的质量得分和元数据
生成变体调用文件(VCF)以使用SAMtools标记NGS对齐中的变体
RNA-Seq:
扩展袖和套装,加入Cuffquant和Cuffnorm
Cuffdiff和Cuffnorm的条件和重复编辑器
增强的RNA-Seq可视化,具有自定义排序和过滤选项
使用增强的外部数据浏览器管理DNA-Seq和RNA-Seq项目
Sequencher 产品:
SNP 检测 (SNP Detection)
序列装配 (Sequence Assembly)
序列编辑 (Sequence Editing)
自动分析 (Automated Analysis)
矢量微调 (Vector Trimming)
SNP 检测
使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。
例如,调用峰,功能分析你的序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义杂合子的严格度。
在装配总揽中表示出杂合子的位置
你可以从杂合子跳到下,而需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察及其参考序列的转换。
及其参考序列的区别会列在可导出的表格内。参考序列从装配到下装配时,SNP 的数目保持。
序列装配
Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断而又的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。
你可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配可能的 Contig。
将 Sequencher 的多功能装配工具应用到:
确定矢量构造
装配病毒和细菌基因组
从 DNA 库中聚类数以万计的序列
将基因变体和参考序列做差异化数据
创建引物地图
将 DNA 装配成基因组序列
以及项目...
Sequencher能够给你足够的信心认为序列是决定正确的。你可以只观察序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。在你的已对齐数据中滚动式很的。你可以使用Sequencher的选择工具来高亮不或者低质量的区域。
下一代DNA测序(NGS)
Sequencher通过将新的同行评审的NGS算法从命令行中带入直观的点击界面,为台式科学家提供。是执行参考引导的比对,从头组装,变体调用还是SNP分析,Sequencher都拥有获得结果的工具。Sequencher了的Cufflinks套件,用于深入转录分析和RNA-Seq数据的差异基因表达。Sequencher可以使用自定义图表和图表生成RNA-Seq数据的可视化,从而在几秒钟内为您提供可用于发布的图形。
Sanger DNA分析
Sequencher广泛的Sanger分析功能是它构建的基础。从头到尾可定制。凭借易于使用的界面已经磨炼超过25年,初次用户将在几分钟内感觉像人士。修剪读取,自定义装配和对齐算法,变化表,摘要报告,注释等内容。
序列编辑
Sequencher 能够给你足够的信心认为序列是正确的。你可以只观察序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不或者低质量的区域。
自动分析
Sequencher 可对你的数据进行批处理,这个过程是透明、用户可定义、可恢复的,并且 Sequencher 不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时,Sequencher 可以:
调用峰
调整矢量
调整低质量的尾端
创建序列
恢复到实验数据
Sequencher 总是管理两份数据,一份编辑过的,一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时,你可以撤销或者部分编辑动作。
自从 4.5 以后,Sequencher 就了新的自动化工具,“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”,你可以选择片段名的一部分作为共享的标识符,或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如,通过按钮的点击,你就可以将 90 个文件,45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的变化都会重组你的片段,因此你可以根据克隆编号、日期、引物,或者你记录在序列名称中的,来装配 Contig。
如果你做了排序,你会感激“Assemble by Name”,尤其是在你有个带有标准引物集的样本序列时。事实上,在序列名中具有可用信息人的人,都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用:
用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。
候选基因的 PCR 产品的分析。
对保存的跨系统分类物种基因的排序。
通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性,对病毒序列进行监控。
即使在项目中只有 Contig,“Assemble by Name”仍然是有用的,因为它 Contig 的名称可以较地表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本,那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事,但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时,允许 Sequencher 命名你的 Contig 是有用的。
矢量调整
自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常矢量序列、polyA 尾,或不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话,这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部
在执行调整之前,Sequencher 会显示计划调整的图形描述,这个功能允许你重新定义你的条件。
系统要求:
Mac要求:
Mac平台当前版本的Sequencher 5.4.6版本:10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14
在Mac上Sequencher的硬盘空间要求为355MB
在Mac上运行Sequencher的内存要求是8GB RAM。使用DNA-Seq工具处理NGS数据需要额外的6GN RAM。对于GSNAP,建议16GB。
Windows要求:
操作系统:Windows 10,Windows 8.1,Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本。Sequencher 5.4不再提供Windows XP。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.
Windows上Sequencher的硬盘空间要求为280MB
在Windows上运行Sequencher的内存要求是3GB RAM
注意:Apple发行时,Sequencher5.4.6将与MacOS Catalina(10.15)不兼容。为了继续使用Sequencher 5.4.6,请暂时不要升级MacOS。