SimGlycan | 聚糖和糖肽MS/MS数据分析工具

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品　　牌：SimGlycan

产品型号：聚糖和糖肽MS/MS数据分析工具

适用范围：高教 职教

所在地区：

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SimGlycan是一款MSⁿ数据分析软件。它预测聚糖结构，对其进行评分并生成与给定MS谱密切匹配的可能聚糖列表。支持糖肽和释放的聚糖谱。

SimGlycan根据MS/MS和多级质谱 (MSⁿ) 数据预测聚糖的结构。此外，使用LC-MS/MS糖肽数据分析糖肽的支持有助于糖基化研究。SimGlycan接受实验性MS/MS数据，将它们与自己的数据库进行匹配，结果生成排序的候选结构列表。每个候选者的等级表示候选结构和实验聚糖之间的接近度。排名是根据稳健的评分机制计算的，该机制考虑了在实验MS/MS光谱中观察到的结构特异性诊断离子以及观察到的峰的强度。

SimGlycan还支持异构体分化的多级质谱 (MSⁿ) 数据分析。

SimGlycan特点：

强的聚糖和糖肽数据库

SimGlycan数据库是一个大型关系数据库，包含9,964种聚糖、22,814种糖蛋白*、6,826种已知生物来源的聚糖和5,874种已知类别的聚糖。随着更多聚糖信息的发布，该数据库会不断更新。

支持MALDI MS/MS和LC-MS/MS工作流程

支持H、Li、Na、Mg²⁺、K、HCOO^-和NH4⁺等不同的加合物以及Na+H、Li+H等加合物组合，以及基于不同的可扩展 MS/MS碎片模式仪器设置，SimGlycan可以分析糖肽和释放聚糖的MALDI和LC-MS/MS数据，这些聚糖是未衍生化、全甲基化和还原端修饰的，而不会影响分析结果。

数据输入文件格式

SimGlycan可以直接自动加载由SCIEX（TripleTOF^TM5600系统、TOF/TOF 5800、4800 Plus MALDI TOF/TOF^TM分析仪、4000 QTRAP^?和QSTAR^?Elite系统）的质谱仪产生的输入数据文件。Agilent Technologies（Agilent 6200系列TOF LC/MS和Agilent 6500系列Q-TOF LC/MS系统），Bruker Corporation（ultrafleXtreme^TM MALDI TOF/TOF, ultraflex^TM MALDI TOF/TOF, autoflex^TMTOF和TOF/TOF, maXis^TM UHR-TOF, micrOTOF^TM, micrOTOF-Q^TM, solariX^TM Qq-FTMS和amaZon^TM离子阱系列），Thermo Scientific^TM（LTQ FT Ultra、LTQ Velos、LTQ XL、LTQ Orbitrap Discovery、LTQ Orbitrap Velos、LTQ Orbitrap XL、MALDI LTQ Orbitrap、Orbitrap Elite, Q Exactive和Thermo Scientific^TMOrbitrap^TMFusion^TMTribrid质谱仪和Thermo Scientific^TMQ Exactive^TM混合四极杆-Orbitrap质谱仪）和Waters公司（SYNAPT G2 HDMS、SYNAPT G2 MS、Xevo G2 QTof、Xevo QTof MS、Xevo TQ MS和Xevo TQ-S平台）。使用mzData和mzXML格式支持其他质谱仪。此外，SimGlycan也接受手动输入、TXT和XLS文件格式。不管你的仪器是什么的，都可以用第三方工具将输出结果转换为这些格式。

TMT定量*

SimGlycan现在支持基于质谱的定量糖学工作流程，使用aminoxyTandem Mass Tags (TMT)。aminoxyTMT6试剂能够有效的对聚糖进行相对定量，提高标记聚糖的电离效率，从而提高分析通量。通过测量来自相应MS/MS光谱的报告离子峰强度来量化聚糖。用户可以指定小至0.0001的容差。提取峰强度后，调整氨氧基TMT报告离子信号以说明每种TMT变体中的同位素杂质。用户可以选择全部聚糖谱匹配中的总和/平均/中值报告离子强度作为聚糖的数量。各种图表，如条形图、点图等。

多级质谱（MSⁿ）数据分析

SimGlycan包括对执行多级/序列质谱 (MSⁿ) 数据分析的支持。MSⁿ是一种对来自MS/MS（或前级MS）的产物离子进行重碎裂的技术，是解决异质性、分支模式和同压寡糖结构的有效技术之一。它允许区分具有相似特征片段模式的聚糖，这些片段模式在MS/MS光谱中无法区分。随着MS (n)水平的增加，生成的片段变得具有结构特异性，这有助于解析同量异位寡糖或对选定结构进行详细表征。

糖肽定性分析

很多质谱仪允许在化合物从在线分离系统中洗脱时捕获MS/MS 数据。这种LC-MS/MS方法会生成很大的数据集，需要复杂的信息学工具在色谱分离过程中分配糖肽结构。这将提高分析效率并提供更深入的质谱糖蛋白组数据分析。SimGlycan现在支持识别复杂混合物的糖肽，这些混合物由LC分离并由MS/MS在批处理模式下检测。SimGlycan将使用第三方工具识别的蛋白质ID、蛋白质序列或肽序列作为初始输入。SimGlycan识别可能的聚糖-肽组合，并根据MS/MS数据中观察到的峰对它们进行排序，这些峰对应于理论糖肽中的诊断离子。可以分析具有1到20 ppm和0.1到2000 milli Dalton (mDa) 之间误差容限的高分辨率准确质量数据。

项目管理

SimGlycan提供项目管理，将结果与输入配置文件和搜索参数相关联。您可以打开任意数量的项目。用户可以在一个项目中导入20,000个光谱。项目可以根据来源、实验室或研究目标进行分类。这很关键，尤其是在进行大规模聚糖分析项目时。您可以通过单击按钮访问聚糖相关信息。与基于Web的应用程序不同，SimGlycan将其保存在您自己的计算机上。

可用信息包括：

聚糖结构：显示聚糖的分子结构（碳水化合物序列）。

Glycan Fragments：使用Domon Costello碎片规则显示命名法、结构、m/z值和质量。为每个片段分配一个序列号。

i) 糖苷片段：显示单个糖苷和糖苷/糖苷片段。

ii) 交叉环片段：显示单个交叉环和糖苷/交叉环片段。

糖肽结构：显示肽序列和蛋白质糖基化位点以及聚糖结构。

注释质谱并生成报告： SimGlycan可以使用cartoons或Domon-Costello命名法对质谱进行注释。还描绘了片段的电荷状态。

导出带注释的峰列表：用户可以将全部搜索结果的带注释的峰列表从20,000个MS/MS光谱导出到单个项目报告。用户可以在带注释的峰列表中只包含匹配的片段或同时包含匹配和不匹配的片段。

绘制聚糖

SimGlycan使用户能够绘制和编辑聚糖和糖肽结构。只需单击按钮，即可添加或删除单糖、肽链或HSO 3、Etn等取代基，并可修改分支点和异头连接。在每一步，绘制结构的碎片化使用户能够比较实验数据和理论数据，使用户能够查看他的修改是否使理论聚糖更接近实验数据。此功能很大地有助于解析糖链结构，尤其是当目标糖链的数据尚不可用时。

质谱解释

软件通过突出显示与理论碎片相匹配的实验m/z值来帮助解释质谱，并生成描述连续单糖单元损失的注释光谱。这有助于研究人员建立分支模式并验证聚糖的基本单元。每个峰都可以使用cartoons或Domon Costello命名法来表示。如果碎片是多电荷的，也会显示碎片的电荷状态。

SimGlycan能够生成带注释的质谱，以适合页面或基于感兴趣的区域。它还会将其导出以与您的同事分享发现。

简单的界面使您能够放大特定的绘图位置，指定m/z范围以显示特定的绘图部分，还可以将绘图作为图像文件导出到MS PowerPoint，以便发布结果并与同事共享信息。

Cartoons是使用标准的单糖功能糖组学（CFG）命名法构建的（在CFG注释不可用的情况下使用自定义符号）。您可以同时绘制全部类型的糖苷片段，同时以符号表示格式注释光谱。

*此功能在SimGlycan企业版中可用。

SimGlycan企业版

SimGlycan企业版现已推出。如果您使用的是私人定制数据库或专有数据，企业版是您正在寻找的解决新型聚糖的安全工具。您可以从数据库中添加或删除聚糖结构，或创建您自己的子数据库以缩小搜索范围，直接从您的工作站方便。多个聚糖的结构信息可以存储在一个文件中并添加到数据库中，从而节省时间。

系统要求：

Windows 支持的平台：Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10/Windows 11