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CodonCode Aligner是一个易于使用的程序，用于Windows和Mac OS X的序列组装、重叠群编辑和突出检测。支持使用Phred进行碱基调用、末端剪切、向量修剪、按名称组装、与参考序列比对、比对重叠群、杂合子插入和删除分析等等。
使用CodonCode Aligner进行序列组装
CodonCode Aligner是一个易于使用的程序，用于序列组装、重叠群编辑和突变检测。功能包括：
多序列组装和序列比对算法
手动和自动序列编辑
将重叠群彼此对齐，只需双击即可返回底层跟踪数据
参考序列和差异表
敏感突变检测
杂合插入缺失分析的高等方法
自动化工具：按名称和脚本组装
限制性克隆、RFLP分析、引物设计
Aligner与Phred-Phrap兼容并支持序列质量评分、同时提供熟悉且易于学习的用户界面。如以下屏幕截图所示：
使用CodonCode Aligner，您可以：
从文本文件导入序列
从ABI、SCF和FASTQ文件导入序列
结束剪辑
矢量修剪
组装重叠群
与参考序列比对
将重叠群彼此对齐，同时保持与痕迹的链接
根据样本名称组装或分组对齐
寻找杂合突变
分析杂合子插入和删除
引物设计
在用户定义的特征之间快速导航
生成系统发育树和限制图
直接从Aligner项目运行Phred和Phrap
导出序列和特征
查看差异表和蛋白质翻译
寻找用于RFLP分析的酶并创建虚拟凝胶
分析甲基化序列并查看原始跟踪数据
计划和可视化限制性克隆步骤
分离等位基因
定义感兴趣的区域（“特征”），例如低质量共识区域 组
装细菌基因组和小型NGS测序项目
CodonCode Aligner让您可以充分利用现代算法进行碱基调用和序列组装，而无需强迫您学习复杂的命令行选项或Perl编程。
【英文介绍】
CodonCode Aligner - DNA Sequence Assembly and Alignment on Windows and Mac OS X
Our easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection for Windows and Mac OS X. Supports base calling with Phred, end clipping, vector trimming, assemble by name, alignment to reference sequences, aligning contigs, analysis of heterozygous insertions and deletions, and much more.
CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X. Aligner is compatible with Phred-Phrap and fully supports sequence quality scores, while offering a familiar, easy-to-learn user interface.
Sequence Assembly with CodonCode Aligner
CodonCode Aligner is an easy-to-use program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection. Features include:
Multiple sequence assembly and sequence alignment algorithms
Manual and automated sequence editing
Align contigs to each other and get back to the underlying trace data with a simple double-click
Reference sequences and difference tables
Sensitive mutation detection
Advanced methods for heterozygous indel analysis
Automation tools: assemble by name & scripting
Restriction cloning, RFLP analysis, Primer design
