在PCR仪上完成一个PCR反应所需要的时间决定于以下几个因素：
1、模块升温和降温时间
2、模块与PCR管内温度平衡时间
3、延伸时间
4、循环次数
下面就以上几点做一点分析，以便大家了解快速PCR技术与快速PCR仪的区别。
1、模块升温和降温度时间
PCR仪一般会标明升温速度和降温速度，但标的大多是最大变温速度，也就是说是瞬间达到的速度。而与实验相关的平均升降温速度只有极少量厂家标明。以平均2度和4度(能做到平均升降温4度的仪器极少)来计算，从95度降到55度，分别是20秒和10秒，每一个循环差20秒钟。以一般35个循环来计算，影响实验时间700秒，也就是不到12分钟。实际还要考虑过冲问题，影响时间还会少些。
2、模块与PCR管内温度平衡时间
模块温度达到后，PCR管内的温度远没有达到(塑料和水的导热系数比铝块差300倍以上)，需要时间来使二者达到平衡。一般有四种办法来减少这一时间，一是让模块温度过冲，在管内温度快达到时降到目标温度，但太高的过冲可能造成实际温度过冲，影响PCR反应结果;二是减少PCR反应液的体积，但体积变小时PCR反应的可靠性会降低;三是降低PCR管的厚度，但太薄时强度不够;四是增加PCR管与模块贴附程度。
3、延伸时间
延伸时间与PCR产物的长度和DNA聚合酶的合成速度有关。如果PCR产物长度少于100bp时，可能考虑将延伸时间变为0(即两步法);采用高速的DNA聚合酶也是常用的方法，但并不是所有PCR实验都可以用高速的DNA聚合酶。
4、循环次数
循环次数与模板量及检测要求相关。
所谓快速PCR技术是将快速PCR仪与超薄管(或特殊贴附技术)以及高速DNA聚合酶等技术整合在一起，可达到较短时间完成PCR反应。而一些厂家在向用户推销PCR仪时，不去说明快速PCR技术，只强调PCR仪速度快(大都用最大升降温速度来HuYou用户)。好像买了快速PCR仪后，原来1个半小时的扩增时间变会缩短成半小时似的。而用户采购了快速PCR仪后才发现并不那么回事。有不少用户采用快速模式根本就做不出好的实验结果。特别是进行多重PCR扩增的用户，如公安系统用于身份鉴定的试剂。
快速PCR技术与快速PCR仪是两回事。快速PCR仪最多只能缩短PCR反应时间10分钟左右，要实现真正的快速PCR反应，还需要其他一些努力。大多数用户根本就不需要快速PCR技术。
