离心机在使用中发生过数起严重事故，事故原因中有离心机产品质量，也有用户使用不当。发生事故的离心机有进口的，也有国产的。事故中有“炸头”的(使用中转子的突然破坏)，也有断轴的。
高速旋转的离心机如果使用不当会发生机毁人亡的事故。当离心机高速旋转当中，如果发现离心机出问题了，我们已经无能为力，因为停机的操作并不能完全避免事故的发生，原因是转子高速旋转时的巨大惯性使转子不能马上停转。但也要知道，只要按说明书的要求操作，而且所使用的离心机质量是可靠的，这些事故是完全可以避免的。当今的国际大品牌的产品和国内有信誉企业的产品是比较可靠的。
离心机的安全主要有机械强度的安全和电气的使用安全。关于后者，用户只要按使用说明书的要求做，事故就可避免。机械强度安全的内容较广，一般的用户没有机会了解得很多。离心机事故中最严重的“炸头”事故和断轴事故一般来说都和转子有关。用户使用离心机时又主要和转子打交道，而很多事故是由于用户使用转子不当引起的。
