1、生物显微镜用的是透射照明，一般用来观察透时和半透明的样本，不能用来观察不透明物体，而金相显微镜主要是落射照明方式，光源从物镜射出，主要用于观察不透明样本的表面，当然也有附带透射照明装置的较高级金相显微镜，可同时用于观察透明样本。
2、从物镜来看，生物显微镜的高倍物镜都有考虑盖玻片厚度(0.17)和载玻片、培养器皿厚度(1.2)，所以其物镜是通常标有/0.17(正置显微镜)、/1.2(倒置显微镜)，正置生物显微镜10倍以下物镜则是/-，也就是可以不考虑，这是为了校正玻璃对于光折射的影响，而金相显微镜的物镜通常标有/0。
生物显微镜与体视显微镜及金相显微镜的区别体视显微镜也叫做立体显微镜，与生物显微镜主要区别如下：
一、体视显微镜的工作距离较大，通常可以达到50mm甚至150mm;而生物显微镜的检测物体的工作距离范围很少超过20mm。
二、体视显微镜可以放置较高，较厚的物体，如集成电路块，较大的工件，螺丝，较厚的物体等等，而生物显微镜只能放置薄片，载玻片等等。
三、体视显微镜景深范围较大，可达达到10mm的景深范围，调节聚焦环，相当大的范围可以看见清晰的图像;而生物显微镜可能稍微转动调焦环，就看不清楚了。
四、体视显微镜可以看见立体的图像，因为景深范围较宽的缘故。但是放大倍数较小，一般立体显微镜最大倍数最大做到200倍左右;而生物显微镜的最大放大倍数一般做到2000倍左右，生物显微镜的特性参数正好与体视显微镜相反。所以说，体视显微镜和生物显微镜的适应范围是不相同的，镜头的结构也有所区别。
