1.选用优质的琼脂糖：不同品牌的琼脂糖在质量上有较大的差异。劣质琼脂糖会导致DNA条带模糊，甚至条带缺失。因此请尽量选择质量稳定可靠的品牌。
2.选择适当的凝胶浓度：
琼脂糖凝胶的线性DNA分辨范围
3.凝胶制备：配制凝胶和电泳应选用相同的1x缓冲液;使用的容器体积至少是凝胶溶液的3倍，以免溶液沸腾时溢出;制胶过程中尽量赶除气泡;根据样品的浓度和体积选择适当大小的梳子。
4.选择适当的电泳缓冲液：GenStar® SD缓冲液(Cat. No. E101-50)和TBE缓冲液适用于分离比较小的DNA片段，TAE缓冲液(Cat. No. E102-50)适用于分离比较大的DNA片段;缓冲液应及时更新;胶回收纯化应使用新鲜配制的1x电泳缓冲液，以防核酸酶和DNA杂带污染。
5.核酸样品的准备：提取的DNA样品应去除蛋白和多余的盐分等杂质;PCR样品应尽量在24小时内电泳检测，否则条带容易模糊。
6.上样缓冲液：所有泳道应使用相同的上样缓冲液，以防止因离子强度不同造成条带迁移率偏差。
7.适量上样：上样过多会导致上样孔超载，出现拖带现象;上样体积过小可能导致条带亮度不均。
8.电压及电泳时间：根据电泳槽型号、凝胶浓度、电泳缓冲液种类和目的条带大小等选择适当的电压和电泳时间。使用GenStar®SD电泳缓冲液时，电压设置为20~35 v/cm胶长;使用TAE或TBE缓冲液时，最大电压以不超过20 v/cm胶长为宜。
