如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
(以人类的IL6 为例)
1、进入NCBI 主页:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search 后面选择Gene,在for 后面填写需要查找的基因的名字。如图所示:
点击“Go”,出现以下界面:
出现了很多基因序列,在每个序列的右边还有“Order cDNA clone” 的链接,这些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的,有些是别名(Other Aliases)与你的目的基因一致,根据每个序列的介绍认真选择你的目的基因。上图中我需要的IL6 是标号为2 的序列。
2、查找cDNA 序列
点击Order cDNA clone, 出现目的页面如图所示:
点击Clone Sequence 后面的链接即可得到cDNA 序列。点击后如图所示(只抓取其中一部分):
3、查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1 点击“Go”之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面(只抓取相关部分):
页面的下半部分,即可以获取mRNA 和蛋白序列的部分:
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分为几个板块,第一个“mRNA and Protein ”区可以让我们找到连续的编码mRNA 序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了mRNA 序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示,mRNA 序列:
蛋白序列如下:
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly,它下面显示的是Genomic ,点击Genomic 下面Reference assembly 对应的Genbank 或FASTA 即可出现编码的DNA 序列(注意:只是编码序列,其中包括内含子,但一般没有5‘非编码区)。
这样就可以找到基因的cDNA 序列、连续的编码mRNA 序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA 序列了。
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