生物安全柜安装位置应不位于通道处，远离能破坏由工作口空气屏障产生的隔离层的房间气流。如果实验室有窗户，应时刻处于关闭状态，安全柜不应放在流通空气入口，以免空气能吹过前开口或吹向排气过滤器。
生物安全柜安装位置如果空间许可，在安全柜的背后和周边应留有30cm的空间用于清洁安全柜，如果不许可，最小每边应8cm，背部应留有3.8cm，用于清洁安全柜。安装生物安全柜的台面承受400kg的压力无明显下沉、弯曲等变形。安全柜所使用的插座电流流量不小于10A，必须有良好的接地，且不得与其它电器共同的插座，安全柜的插座应易于维修，并且电气安装测试不必移动安全柜。
A2型生物安全柜设计的是排气气流返回实验室而不是向室外排放，关键一点是顶端排气口和天花板之间的距离最少应有8cm。间距小于8cm会阻碍排气而减少进入安全柜前开口的气流。当需要使用热风速计测定排气气流流速，计算安全柜流入气流速度，则安全柜顶部的排气口和天花板间至少应有30cm空间。
