1. Wetland-2D模块
Wetland模块是用来模拟人工湿地反应的。人工湿地水处理系统的设计能优化自然环境中发现的处理过程。HYDRUS湿地模块包括两个biokinetic模型公式。而在原始湿地CW2D模块中，考虑到了有机物、氮和磷需氧和缺氧的转换和降解过程，以及对新的CWM1模块中需氧、缺氧和厌氧过程的有机物，氮和硫的考虑。
2. UNSATCHem-2D模块
主要是用来模拟运移和主要离子的反应。UNSATCHem模块模拟变饱和多孔介质中主要离子的运移（如钙、镁、钠、钾、SO4、碳酸气和Cl），包括主要离子平衡和非平衡化学反应动力学。生成的代码可用于预测土壤在瞬变流动中的主要离子化学、水和溶质通量。
3. DualPerm-2D模块（2.02版本及以上）
用于模拟双渗透多孔介质中二维可变饱和水运动和溶质运移，即优先和非平衡水分和溶质运移。
4. C-Ride-2D模块 （2.02版本以上）
用于模拟经常发生的强烈吸附污染物的二维胶体的溶质运移，（如重金属、放射性核素、制药、农药、炸药），主要与固相关联，通常认为它们是静止不动的，但也可以吸附移动胶体粒子（例如微生物、腐殖物质、悬浮粘土颗粒和金属氧化物），可以作为污染物的载体，从而为这些污染物提供一个快速的运移途径。
5. HP2模块 （2.02版本及以上）
综合了HYDRUS（其二维部分）与PHREEQC地球化学代码【1999年的Parkhurst和Appelo】开发了这个新综合仿真工具（HP2-HYDRUS-PHREEQC-2D缩写），主要是区别于一个类似的一维模块HP1。这个模块可以考虑各种混合平衡/动力生物地球化学反应。
6. HYPAR模块
是标准二维和三维HYDRUS计算模块的并行版本.(h2d_calc.exe and h3d_calc.exe）HYPAR使用并行计算工具和技术来有效利用多核以及多处理器计算机的优势并且显著加快耗时的模拟，尤其是那些需要大量的有限元素。
7. Slope Classic模块
Slope Classic附加模块的目的主要用于堤防的稳定性检查，水坝，削减地球和固定挡板结构。水的影响建模使用孔隙压力的分布，这是进口自动从水蛇座指定时间的结果。每个时间步的水分布可以分别进行分析。
8. SLOPE Cube模块
SLOPE Cube（Slope Stress and Stability）附件模块是由科罗拉多矿业大学的Ning Lu博士合作开发的。它使用一个统一的有效应力方法饱和和不饱和的条件。这个模块的目的是用来预测infiltation-induced滑坡启动和开展variably-saturated土壤条件下的边坡稳定性分析。
