CodonCode Aligner是一款易于使用的程序，用于序列组装、重叠群编辑和突变检验。CodonCode Aligner 11.0现已推出。
CodonCode Aligner 11.0的新增功能：
CodonCode Aligner 11.0版添加了Gibson Assembly、注释通用功能、序列开始的自动同步等等。
Gibson Assembly
对虚拟Gibson Assembly的支持允许您使用至多15个片段来模拟克隆实验。
载体、片段和产物序列可以显示为线性或圆形图，或在基础水平上。使用多个简单选项之一选择要克隆的区域，例如单击功能、反转现有选择、选择酶、输入碱基数或仅使用Shift键单击。
视图左侧的工具栏按钮包含用于更改显示的图谱、特征和酶的选项，例如仅显示预定义的特征。
至多添加15个片段，并根据需要对其进行修改、排序或删除。
根据您的Tm和重叠设置自动选择理想引物。您还可以手动编辑引物，例如添加间隔物或根据需要调整读码框。
图形概览显示您的载体、片段、引物和产品。
在克隆实验期间，选择直接导出引物和片段以及在CodonCode Aligner项目中创建哪些序列。
查找并注释共同特征
对Aligner11中功能的更好支持包括检验和注释质粒中常见特征的选项。设置特征的相似度百分比以查找并选择要注释的特征：
上面的示例显示了查找和注释具有至少95%同一性的共同特征之前和之后的向量。
同步启动
同步循环序列起始位置的功能可以轻松排列和比较相似的样本。下面的示例显示了两个向量，它们具有一些相似之处，但在同步开始之前和之后的开始位置不同：
如果您愿意，现在还可以手动设置起始基准，而不是使用自动同步功能。
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从GFF文件导入特征
设置循环序列的起点
更好地对齐圆形序列
导入近来的文件
