Sequencher是DNA序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速 Contig组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。
使用Sequencher软件查看DNA序列
使用Sequencher的方法步骤：
A、查看峰图或编辑
打开软件
载入文件（abl格式）
双击打开文件，可见序列信息
点击右上角的“show chromatogram”可见峰图
B、整合多个文件，存为一个文件：
打开文件
载入文件夹import
选中所有文件，点击file下的export导出，选择“selection as subproject”，弹出保存的对话框，命名保存文件并选择格式（txt）。
该txt文件可用clustal x打开，进行序列比对，保存为aln格式后，可以不用bioedit打开进行编辑修改。
注：Sequencher软件的主要功能为序列查看。序列比对可直接用MEGA操作，编辑更方便，比对时间稍短。
Poly结构后双峰问题：
Poly A/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰，PolyG/C结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一，目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响，但一般而言，PCR样品Poly结构后双峰的概率非常高，而菌液中Poly结构对测序结果的影响较少或没有。
解决办法：
反向测序再拼接
连接到载体后测序
也有一些Poly结构对测序无影响。
Sequencher通过将最新的经过同行评审的NGS算法从命令行带入直观的点击界面，增强了台式科学家的能力。无论是执行参考引导的比对，从头组装，变体调用或SNP分析，Sequencher都具有您需要的可用来获得结果的工具。Sequencher集成了全面的Cufflinks套件，可对您的RNA-Seq数据进行深入的转录本分析和差异基因表达。Sequencher可以通过自定义图和图表轻松生成RNA-Seq数据的独特可视化效果，从而在几秒钟内为您提供可随时发布的图形。
