南通大学不断强化学科建设，优化学科建设体系，形成多学科相互支撑、协调发展、重点突出的学科布局，加强学科队伍、科学研究、社会服务等内涵建设，全面提升学科建设总体水平，发挥学科建设在学校各方面工作中的带头引领作用。
强化组织领导，完善学科建设管理体制。学校发挥学科建设领导小组的规划设计与宏观领导作用，不断完善二级学院党政领导和学科带头人共同负责的管理体制，强化各职能部门对学科建设的组织管理与服务协调功能，满足学科建设长远发展需要。学校强化学科目标管理和绩效考核，以四年为建设周期，制定建设计划任务书，建立定期汇报制度，实现阶段检查与建设周期考核相结合、校内自评与校外三方评价相结合、学科内部纵向评价与外部横向比较相结合，提升学科竞争力和水平。
强化基础建设，夯实协同发展基础。学校坚持“厚基础、重研究”，给予数学、物理、化学等基础学科持续稳定的支持，进一步夯实基础学科实力，提升基础研究水平，建立适应高水平大学建设需要的基础学科体系，全面提升基础理科培养拔尖创新人才的能力，为高峰学科建设的发展提供理论支撑和基础保障。学校充分发挥综合性大学的优势，大力推动“医—工—文—理”交叉，统筹布局“医学+”“工学+”等若干个引领学科方向领域，不断提升学校支撑地方经济社会发展的能力。
强化目标引领，优化学科建设体系。学校立足学科传统和发展基础，按照“目标共订、任务共建、责任共担、资源共享、成果共认”的原则，构建学科群建设体系，合力打造高峰高原学科。学校依托学部制改革，理顺各单位间内在关系和建设机制，进一步促进学科间的交叉融合，组织跨学院、跨学科的新型创新联合体，明确发展定位和建设重点，分层次、有重点、全覆盖构建学科发展体系，切实加强学科内涵建设。
