南通大学牢牢抓住全面提高人才培养质量这个核心点，不断深化教育教学综合改革，促进产业链、创新链、人才链的深度融合，逐步构建创新型人才培养体系。
结合社会发展，优化人才培养体系。学校面向新兴产业和区域发展的需求调整人才培养结构和质量，组织开展本科专业结构优化调整工作，在打造好重点专业、特色专业的同时，学校还建立跨学院和学科的专业合作机制，整合优质资源，组建成立张謇学院，采用个性化培养方案，开展新工科、产教融合人才培养模式变革。学校先后与地方政府、企业合作共建通科微电子学院等，完善产学协同育人机制，构建“政产学研”一体的创新型人才培养体系。
以学生为中心，创新人才培养机制。学校以促进学生全面发展为根本标准，完善本科人才培养方案，明确各类课程和教学环节与学生知识、能力、素质达成的关联性，围绕“通识、基础、专业”课程群增设多元课程，推动课程内容重组，灵活设置课程模块，鼓励学生开展丰富多样的课外自主学习；引领教师开展翻转课堂等线上线下相结合的课程教学改革，以任务驱动调动学生学习的积极性和主动性；改革考试考核内容和方法，全面推进学生学业形成性评价，探索灵活多样的开放考核方式，强化学生的创新能力和实践能力培养。
丰沃创新土壤，构建创新训练平台。学校成立创新创业教育学院，建立“国家、省、校、院”四级大学生创新创业训练计划项目体系，打造“四层三维”学科竞赛平台，多部门协同，广泛开展大学生创新创业训练。构建与知名医院、学校、科研院所和企业的战略联盟，培育了一批科技创业实习基地，为学生提供实践实习平台。学校将鼓励开展学科竞赛作为系统性改革的重点领域，进行一系列制度创新。以赛促学、以赛促教，不断提升创新型人才培养成效。
