高效毛细管电泳(High Performance Capillary Electrophoresis，HPCE)和一般电泳法的区别在于使用毛细管柱。在熔融石英毛细管内壁覆盖一层硅氧基(Si-O)阴离子，由于吸引了溶液中的阳离子，由此在毛细管内壁形成表面带阴离子的双电层。层外缘扩散层中富集的阳离子被电场阴极吸引导致溶液向阴极的流动，这种效应称为电渗。电渗流的速度ueo和电场强度E 成正比，定义电渗速度μeo和场强E 的比值为电渗淌度μeo，即μeo=ueo/E
电渗淌度与硅氧层表面的电荷密度成正比，与离子强度的平方根成反比。在低pH条件下，不着硅氧层形成分子(Si -OH)，因而减少了表面电荷密度，故电渗速度减小。如在pH 9的绷砂缓冲液中电渗速度约2mm /s ，而在pH 3介质中电渗速度减小约一个数量级。影响电渗的一个重要因素是毛细管中因电流作用产生的焦耳热，能使得柱中心=的温度高于边缘的温度，形成抛物线型的温度梯度，管壁附近温度低，中心温度高，结果使电渗速度不均匀而造成区带变宽，柱效降低。为此，应避免使用过长和内径大于50μm 的毛细管柱，还应注意减小毛细管的壁厚、选择适宜的电压和缓冲液以及使用良好的冷却系统。
HPCE 中观察到的离子淌度是离子的电泳淌度μep和溶液的电渗淌度的加和。定义表观淌度为μapp，则
μapp=μep+μeo
根据以上的讨论，带正电荷的离子的μep>0，μeo>0，故μapp 总是为正号，离子向阴极移动;而带负电荷的离子受电泳流的影响被阴极排斥，μep<0，在高pH条件下，若μeo>μep，μapp仍为正号，离子仍然可向阴极移动，但在低pH 条件下，μapp可为负号，离子将向反方向移动。此时必须改变电场方向，方可检测到欲分析的离子。对于实际速度为unet(net指net speed)的组分，表现淌度可由下式计算：
式中Ld：从进样口到检测器的实际柱长;Lt ：总柱长;V：电压;t：所需的分析时间。
实际测试电渗淌度时可用中性组分，此时μep=0, μeo=μapp, μep=μeo上式为：
HPCE的毛细管容易冷却，故可以使用20～30 kV的高电压，由于管内径只有25～100μm，无涡流扩散，使传质阻抗趋于零，因此，有很高的分辨率。电解质液由毛细管阳极端进入毛细管，携带被分离的组分可以从毛细管阴极端流入检测器的比色池，电泳过程与结果分析均容易自动化，已成为效率极高的分析仪器。
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