2016年 3月创腾科技生命科学分子模拟系列培训安排
Discovery Studio2016辅助酶的理性设计
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培训基本信息 Discovery Studio2016辅助酶的理性设计
培训 时间：2016年3月28-30日，共三天
培训地点： 【苏州】创腾科技培训中心
培训 内容： 本次培训以Discovery Studio2016软件的基础操作和应用为核心，以酶的理性设计为基础，针对酶的理性设计中所涉及的技术进行介绍与上机操作，包括：基于酶的一级序列预测翻译后修饰位点和酶的三维结构、酶-底物相互作用预测及优化、通过虚拟氨基酸突变设计同底物亲和力更高的酶或稳定性更高的酶、预测并引入新的二硫键提高酶的稳定性、预测酶结构表面易聚集的位点并进行突变优化、采用常规动力学及拉伸动力学分析酶的构象变化等等。
· 培训日程安排
| 日期 | 时间 | 内容 |
| 第一天 | 08:30-09:00 | 报到和注册 |
| 报到地点： 苏州创腾培训中心 | ||
| 09:00-10:15 | Discovery Studio 基本界面 | |
| DS 背景介绍， DS 界面介绍，蛋白与小分子的预处理方法介绍与实际操作。 | ||
| 10:15-10:30 | 茶歇 | |
| 10:30-11:45 | 酶的理性设计概述 | |
| 酶的理性设计专题之一：酶的序列分析 | ||
| 基于酶的一级序列预测其翻译后修饰位点，应用与操作。 | ||
| 酶的理性设计专题之二：酶结构的构建 | ||
| 同源建模核心原理介绍及案例分析，同源模板的选取技巧、同源模型的优化与评价等。 | ||
| 11:45-13:30 | 午餐 | |
| 13:30-15:00 | 酶的理性设计专题之二：酶结构的构建 | |
| 同源建模参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 15:00-15:15 | 茶歇 | |
| 15:15-16:30 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 (CDocker) | |
| 分子对接的核心与原理，酶催化位点的定义，酶 - 底物最终作用模式的选取与分析，关键氨基酸位点的识别与显示方法， CDOCKER 基本原理及案例分析。 | ||
| 16:30-17:15 | 课程讨论及答疑 | |
| 第二天 | 09:00-10:15 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 (CDocker) |
| CDOCKER 参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 10:15-10:30 | 茶歇 | |
| 10:30-11:45 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 (FlexDock) | |
| 对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法， Flexible Docking 基本原理介绍、案例分析； | ||
| 参数设置意义、 Flexible Docking 实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 11:45-13:30 | 午餐 | |
| 13:30-15:00 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 ( 分子动力学模拟 ) | |
| MD 基本原理，溶剂模型的添加，束缚条件的设定，平衡状态的判定等 ; | ||
| MD 参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 15:00-15:15 | 茶歇 | |
| 15:15-16:45 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 ( 拉伸分子动力学模拟) | |
| SMD 基本原理与应用，外力的添加，力时间曲线的生成与分析， PMF 的计算与分析； | ||
| SMD 参数设置意义、实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 16:45-17:15 | 课程讨论及答疑 | |
| 第三天 | 09:00-10:00 | 酶的理性设计专题之三：酶与底物相互作用机理研究 (QMMM) |
| QMMM 基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析 | ||
| 10:00-10:45 | 酶的理性设计专题之四：基于亲和力进行酶设计 | |
| 突变位点、突变组合的建议，原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析 | ||
| 10:45-11:00 | 茶歇 | |
| 11:00-11:45 | 酶的理性设计专题之四：基于热稳定性进行酶设计 | |
| 突变位点、突变组合的建议，原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析 | ||
| 11:45-13:30 | 午餐 | |
| 13:30-14:45 | 酶的理性设计专题之四：蛋白二硫键的预测与引入 | |
| 二硫键位点的选取方法，实际操作技巧及结果分析。 | ||
| 酶的理性设计专题之四：基于蛋白聚集效应进行酶设计 | ||
| 建议可能的突变位点降低酶的聚集，基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析 | ||
| 14:45-15:00 | 茶歇 | |
| 15:00-16:00 | 酶的理性设计专题之五：筛选酶的潜在底物 | |
| 筛选命中率提高的方法， Libdock 和 LigandFit 基本原理介绍、参数设置意义、实际操作技巧及结果分析 | ||
| 16:00-17:00 | 课程讨论及答疑 |
· 培训费用
| 注册类型 |
培训费用 (1 人参加) |
优惠 价格及条件（符合任一条件即可） 优惠条件（不可与其他优惠条件同享）： 1 、3月21日前成功报名并汇款； 2、 同一单位，≥2人参加； 2 、 同一学员（2011年至今）曾参加过DS培训课程 |
| 教育科研客户 | 3600/ 人 | 3000/ 人 |
| 政府科研/企业客户 | 5400/ 人 | 4500/ 人 |
· 报名方式
报名请登入创腾科技网站：www.neotrident.com，欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限，报名从速!
· 关于苏州创腾科技培训中心
2016新培训基地——苏州培训中心正式运营!
新的培训中心坐落在苏州工业园区2.5产业园内，这里地处苏州工业园区中新大道与中环路东侧，具有英伦古典学院风的建筑群，提供包括银行、邮政、中西餐厅、精品书屋、商业 零售、运动休闲等生活配套载体;目前已经吸引包括IBM、百特医疗、TE在内的多家世界名企落户。
创腾科技(苏州)培训中心配备了国际最先进的研发信息化软硬件资源，相信崭新的学习环境、领先的软硬件设施、以及浓郁的学习氛围能给学员带来愉快地学习体验。创腾科技的培训讲师都具有多年相关领域研发与实战经验，从理论到实践，从初级到高级，从入门到精通，通过实例讲解和上机操作结合的授课模式，来快速提升学员对信息化科研工具的理解和掌握。创腾科技将力求为学员提供最专业，最完善的培训服务!
希望苏州培训基地的成立能为国内相关的研发机构输出一大批优秀的人才，加速我国研发信息化的步伐。
>>报名请登入创腾科技网站：www.neotrident.com
