档案的门类分为很多种，大到学校领导阶层的决策，小到一节课的课堂记录，从校内活动的策划文件，到教师的备课笔记，都是档案的一部分。有些学校只注重校内的文书档案的归纳整理工作，而忽视了其他重要的方面。这样直接导致的后果就是学校损失了相当一部分日常教学管理方面的工作经验。以后再做类似工作的时候，得不到相应档案文件的经验支持，所有的工作都要从头开始。浪费了很多工作时间，降低了工作效率。而对于已经归档的文件，大多数高校对它们的数字化管理也不到位，在进行数字化检索的时候，一般只能对其标题、目录等基本信息进行操作，而对于档案的具体内容，则无法快速、准确地查找到位。这就是由于档案的信息化程度不高造成的。却因为检索原因而导致找不到我们想要的档案文件，这是对已经归档的档案资源的一种浪费。
由于高校是一个复杂的大环境，其中档案资料的来源也是多种多样。如何把它们统筹管理，是否有行业内的标准规范?答案是否定的。现阶段大部分高校的档案信息化建设都带有该学校的本地特色，管理方式多种多样，这样不利于高校之间档案管理工作的交流，也更不用说建立行业内的标准规范。另外，即便是同一高校内部的不同体系之间，它的档案管理模式也大不相同，例如：教工评价系统、图书馆借阅管理系统、学分统计系统、人事系统以及选课系统等等。这些不同的系统往往都是各自独立的档案信息化数据架构，相互之间的数据不能良好地调用，且操作方式也可能不同。这样也不利于校园内部档案的统筹管理。同时，数字化档案也一定会依托于互联网这个平台。由于互联网的开放性特征，以及网络技术上的局限性，许多档案的保存无法做到百分之百的安全，于是也就不能保证没有针对互联网和数字档案资料的人为不道德的行为，但由于没有相关法令条文的约束，不能把这些行为视为违法，例如网络黑客入侵甚至档案管理人员窃取机密档案文件等等，而且，档案本身的真实性、唯一性也无法得到法律上的保障。
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