培训时间：2017年11月22-24日(周三至周五)
培训地点：苏州创腾科技培训中心(江苏省苏州市工业园区东长路88号2.5产业园A2栋301室)
►培训主旨：
计算机辅助药物设计是在合理药物设计探索中迅速发展起来的一种新药研究与开发新技术，是药物发现中不可或缺的重要手段和工具。计算机辅助药物设计在合理药物设计中，可进行药物-靶点作用模型模拟、药物活性构象分析、药物构效关系分析、药效团识别、药物结构设计与改造、药物成药性分析，大大提高了药物设计水平、速度和成功率，使得药物设计从基于偶然性趋向于合理化。本次培训班旨在帮助学员们学会借助Discovery Studio这一强大的计算机辅助药物设计软件进行合理的药物设计。
►培训对象：
从事药物研发相关领域的科研工作者，有兴趣想要借助Discovery Studio软件来开展药物设计工作的相关人员，希望能进一步系统掌握分子模拟技术、软件使用技巧、能够快速上机模拟操作相关课题的老师和同学。
►培训内容：
本次培训将会围绕Discovery Studio软件中多种经典的计算机辅助药物设计技术展开介绍，具体包括：多种分子对接算法、全面的基于片段的药物设计方案以及全方位的药效团模型构建方法及应用策略、FEP自由能能微扰、分子动力学和拉伸分子动力学模拟等技术，探讨如何选择对接算法和打分函数，如何分析对接结果，如何选取不同的药效团模型构建方法，如何选取构建药效团的训练集，如何改造优化先导化合物并且考虑可合成性，如何快速全面分析可能的潜在靶标，如何精细研究受体-配体互作及受体构象的变化等问题。同时，通过上机操作分享这些经典功能的参数设置技巧、结果分析方法等，从而帮助学员从理论到上机都能更系统地将这些技术学以致用。
►培训形式：
• 通过文献案例分析介绍每种药物设计经典方法的应用，及相应功能模块的原理介绍;
• 上机操作练习：讲解每种设计方法过程中每一步骤的具体操作流程及参数设置(提供完整的培训教程);
• 学员交流与讨论，工程师进行现场答疑答疑。
►课程安排：
日期
时间
内容
第一天
8:00-9:00
报到和注册
报到地点：苏州创腾培训中心
09:00-10:45
Discovery Studio基本界面
DS背景介绍，DS界面介绍，蛋白与小分子的预处理方法介绍与入门操作。
10:45-11:00
茶歇
11:00-12:00
药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
药物虚筛流程的介绍，分子对接的核心与原理，蛋白活性位点定义方法，分子对接结果的分析，最优对接构象的选取方法，LibDOCK的原理等。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:30
药物的虚拟筛选-分子对接LibDOCK
LibDOCK参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
14:30-14:45
茶歇
14:45-16:00
药物的虚拟筛选-分子对接LigandFit
分子对接算法的选取方法，打分函数的选取方法，虚筛真阳性分子命中率的提高方法，LigandFit的原理及蛋白活性位点定义方法、参数设置技巧、实际操作技巧等。
16:00-17:15
蛋白-小分子作用机理研究-分子对接CDOCKER
关键氨基酸的识别与显示方法，作用机理的解释手段，CDOCKER原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
17:15-18:00
课程讨论及答疑
第二天
09:00-10:15
蛋白-小分子作用机理研究-分子对接Flexible Docking
对接过程中蛋白分子柔性的考虑方法，Flexible Docking原理介绍、参数设置技巧和实际操作技巧等。
10:15-10:30
茶歇
10:30-12:00
基于片段的药物设计-LUDI/MCSS
全新药物设计方法，分子的优化与改造方法，基于LUDI的虚拟筛选，LUDI的算法原理、参数设置技巧和实际操作技巧。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:45
基于片段的药物设计-Grow Scaffold/Replace Fragment
化合物改造的新方法，化合物电子等排体的替换方法，化合物片段生长的新方法，化合物骨架跃迁，参数设置技巧和实际操作技巧等。
14:45-15:45
FEP计算配体相对结合自由能
精确计算不同配体同受体的相对结合自由能，指导化合物的优化与改造。FEP计算原理、实际操作及结果分析。
15:45-16:00
茶歇
16:00-17:15
药效团模型的构建及应用-定性药效团模型的构建HipHop
经典的基于配体的药物设计方法，训练集分子的选取依据，药效团模型的评价方法，基于药效团的虚筛方法。Hiphop参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
17:15-18:00
课程讨论及答疑
第三天
09:00-10:30
药效团模型的构建及应用-定量药效团模型的构建HypoGen
经典的基于配体的药物设计方法，训练集分子的选取依据，药效团模型的评价方法，基于药效团的虚筛方法。HypoGen参数设置技巧、实际操作技巧及结果分析。
10:30-10:45
茶歇
10:45-12:00
药效团模型的构建及应用-基于靶标结构的药效团模型构建SBP
SBP方法的原理、实际操作方法。
12:00-13:30
午餐
13:30-14:45
药效团模型的构建及应用-基于受体-配体复合物的药效团模型构建CBP
基于药效团模型数据库PharmaDB的反向找靶
CBP方法的原理及操作，反向找靶的策略，药效团模型数据库的构建，基于药效团反向找靶的结果分析，靶标的确认方法等。
14:45-15:30
化合物成药性评价-ADMET性质的分析
ADMET计算报告的分析。
15:30-15:45
茶歇
15:45-17:15
分子动力学/拉伸分子动力学
MD/SMD基本原理与应用，溶剂模型的添加，束缚条件的设定，MD平衡状态的判定，SMD力时间曲线的生成与分析，PMF的计算等。
17:15-18:00
课程讨论及答疑
►网站报名：请点击此处，欢迎感兴趣的老师和同学踊跃报名。名额有限，报名从速!
手机报名：识别下面二维码，手机提交报名
►培训班联系人
创腾科技有限公司 市场部
电话：021-51821768转219(叶小姐);021-51821768转233(陈小姐)，13916858963
Email:market@neotrident.com
培训网站:http://training.neotrident.com/
